BFA is een vzw waarvan de structuur statutair bepaald is. De dagelijkse werking van de organisatie wordt waargenomen door de directeur-generaal (Yvan Dejaegher), samen met zijn team van 8 gemotiveerde medewerkers. Er wordt ook driejaarlijks een voorzitter (Frank Decadt (2016)) en ondervoorzitter (Dirk Van Thielen (2016)) aangeduid die het team indien nodig met raad en daad bijstaan.

Het beslissend orgaan van BFA bestaat zowel uit een Dagelijks Bestuur, als uit een Raad van Bestuur. De bestuurders van de raad van bestuur worden door de algemene vergadering verkozen en ieder lid mag er slechts door één bestuurder vertegenwoordigd zijn (tenzij anders bepaald).

Ten slotte duidt de Algemene Vergadering elk jaar een commissaris aan die de rekeningen van elk dienstjaar nakijkt (nadat de raad deze aan het einde van het jaar heeft afgesloten).