Op nationaal niveau zijn er verschillende kwaliteitssystemen die zeer actief zijn op het vlak van kwaliteit. Regelmatig vindt er dan ook overleg plaats tussen BFA en deze organisaties. Om te weten welke acties er op internationaal niveau worden genomen, verwijzen we naar de rubriek Internationaal.
Codiplan vzw werd in 2006 opgericht door de drie landbouworganisaties (Boerenbond, ABS en de FWA). Doel van deze organisatie is het beheer van de sectorgids voor de primaire productie.
Vegaplan.be werd eveneens door de drie landbouworganisaties opgericht. Het maatschappelijk doel van deze vzw is het administratieve beheer van de Vegaplan Standaard (vroeger IKKB Standaard - Integraal Keten Kwaliteit Beheer - genoemd) en bijhorende sectorgidsen.
Belbeef werkte het Generiek Lastenboek Rundvlees (GLR) uit. Deelnemers aan dit lastenboek dienen het BFA lastenboek 'De productie en levering van plantaardig mengvoeder' te volgen.